Bij het begin van het extractieproces met superkritisch CO2 wordt de natuurlijke grondstof in een vat geplaatst dat in het extractiegedeelte van de apparatuur wordt geplaatst. Hier laat een pomp het CO2 continu in superkritische toestand circuleren en worden geselecteerde verbindingen in het superkritische CO2-medium opgelost. Welke verbindingen er worden geëxtraheerd, kan worden bepaald door te spelen met de temperatuur en de druk in de extractor. Na extractie wordt de druk in het scheidingsgedeelte van de apparatuur verlaagd om het (nu gasvormige) CO2 te scheiden van de geëxtraheerde verbindingen. Dit CO2 wordt teruggewonnen en kan voor volgende extractiecycli worden gebruikt. Tijdens een cyclus kunnen verschillende verbindingen worden geëxtraheerd. Deze worden in vloeibare of vaste vorm in twee of drie afzonderlijke vaten verzameld.
Typische grondstoffen waaruit verbindingen worden geëxtraheerd, zijn vaste materialen als bloemen of hout. Een andere toepassing is het verwijderen van organische oplosmiddelen uit plasticafval, om het plastic te reinigen en te recyclen.