Zu Beginn der Extraktion von überkritischem CO2 wird das natürliche Rohmaterial in einen Behälter gefüllt, der im Extraktionsbereich des Geräts positioniert wird. Hier zirkuliert eine Pumpe das CO2 kontinuierlich in einem überkritischen Zustand, und ausgewählte Verbindungen werden im überkritischen CO2-Medium gelöst. Indem Temperatur und Druck im Extraktor angepasst werden, lässt sich einstellen, welche Verbindungen extrahiert werden sollen. Nach der Extraktion wird der Druck im Abscheidebereich des Geräts reduziert, um das (nun gasförmige) CO2 von den extrahierten Verbindungen zu trennen. Dieses CO2 wird zurückgewonnen und kann für die nachfolgenden Extraktionszyklen verwendet werden. In einem einzigen Zyklus können mehrere unterschiedliche Verbindungen extrahiert werden, die in flüssiger oder fester Form in zwei oder drei separaten Behältern gespeichert werden.
Feste Materialien wie Blüten oder Holz sind typische Rohstoffe, aus denen Verbindungen gewonnen werden. Eine weitere Anwendungsmöglichkeit ist die Extraktion organischer Lösemittel aus Kunststoffabfall, um den Kunststoff zu reinigen und zu recyceln.